AYSAM' in en üst karar organı, Yönetim Kuruludur. Yönetim Kurulunun aldığı kararlar AYSAM Başkanının sorumluluğunda icra edilmektedir.

AYSAM' da bir Başkan Yardımcısı, üç bölgesel ve iki işlevsel Araştırma Grubu (Masa Başkanlığı) bulunmaktadır.

Araştırma Grupları (Masa Başkanlıkları) aşagıya çıkarılmıştır.

a. Bölgesel Araştırma Grupları (Masaları) :

1) Rusya-Ukrayna-Balkanlar (Arnavutluk, Bulgaristan, Makedonya, Bosna-Hersek,Romanya, Kosova ve Yunanistan) Araştırma Grubu (Masası),

2) Orta Asya Masası (Kazakistan, Türkmenistan,Özbekistan, Kırgızistan, Tacikistan, Moğolistan ve Çin) Arastırma Grubu (Masası),

3) Güney Kafkasya (Azerbaycan, Gürcistan, Ermenistan), İran, Irak, Afganistan ve Pakistan Masasi Araştırma Grubu (Masası).

b. İşlevsel Araştırma Grupları (Masaları):

1) Türk Toplumları Araştırma Grubu (Masası),

2) Türkiye ve KKTC Araştırmaları Grubu (Masası).

Bölgesel araştırma grupları (masaları), sorumlu oldukları alanların coğrafi, politik, sosyo-kültürel ve ekonomik v.s yapılarını temel ve güncel (cari) bazda inceleyerek, işbirligi imkanlarını ortaya koymak ve mevcut işbirliğini gelistirmek amacıyla tespit, analiz ve projeler yapmakta, politika ve stratejiler geliştirmektedirler.

İslevsel Araştırma Grupları (Masaları), Bölgesel Grupların (Masaların) sorumluluk alanı dışındaki ülkelerdeki Türk toplulukların ( Türkler, Kazaklar, Özbekler, Türkmenler, Azeriler, Uygurlar ve digerleri ) bulunduklari ülkelerdeki sosyo- kültürel, siyasi ve ekonomik durumlarını inceleyerek, bunlar arasında ortak güçlü bir lobicilik faaliyetinin teşkiline yönelik çalışmalar yapmakta ve Türkiye ve KKTC'nin güncel ve ciddi ana meseleleri hakkında AYSAM' ın görüşünü oluşturmaktadırlar.